2006年上海市大學生棒球聯賽于5月13-28日舉行。該項賽事是上海市高校的傳統賽事。上海市12所大學棒球隊在交大和上外2個賽區角逐總冠軍。其中上海交大賽區包括：東華大學、華東政法學院、上海交通大學、上海中醫藥大學、上海應用技術學院、復旦大學；上海外國語大學賽區包括：上海師范大學、上海財經大學、同濟大學、上海大學、華東理工大學、上海外國語大學
上海交大棒球隊分別以28:1、13:0、8:3、6:5戰勝華東政法大學、上海中醫藥大學、上海應用技術學院和復旦大學棒球隊，昂首挺進決賽。
2006年5月28日在上外賽區，與上海外國語大學進行冠軍爭奪賽。
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